1963年2月20日生于天津北辰区，父亲为军人，四岁时举家进京，就读北京良乡小学，北京丰台三小，小学头三年就读于北京郊区一农村小学，后以北京重点中学12中录取最低线的分数考入该校。
1981年考入中国传媒大学新闻系。1985年毕业后进入中央人民广播电台任记者，先后客串中央电视台策划东方时空等节目。
1987年中央人民广播电台的《午间半小时》中有了记者崔永元报道的声音。从中国传媒大学新闻采编专业毕业后，电台记者成了崔永元的本业。
1993年崔永元开始进入《东方时空》。1995年策划《东方时空》的特别节目《真实再现》。1996年4月28日开始做《东方时空》的周日版特别节目《实话实说》，主持人身份崭露头角，大受欢迎。
1998年正式调入中央电视台。他睿智、幽默，传递出了多种声音，展示了多元化的视角，倡导一种宽容理解的真诚对话气氛，给当时“一本正经”的电视屏幕带来了极大的活力。
1999年时，中国国内电视媒体纷纷效仿崔永元的《实话实说》节目形式，逐步导致全中国电视观众对《实话实说》电视节目的要求不断提升，最终此节目的收视率慢慢下降，尽管崔永元已经使出浑身解数，但是依然未能稳固住收视率，这让崔永元感觉到前所未有的焦虑和危机。2000年主持了中央电视台春节联欢晚会。
2001年时，沉重的工作精神压力，导致崔永元已经从睡眠障碍发展到严重的精神抑郁症，而过多服用镇静类药物后，他的身体已经产生了抗体。
2002年崔永元出书《不过如此》，成为畅销书目。2002年崔永元突然离开《实话实说》，之后人们才知道原因是他得了重度抑郁症。走出抑郁症阴影的崔永元曾在接受央视《人物》栏目专访时，自曝得重度抑郁症时，每天都在想着自杀。
2003年7月崔永元开始主持新节目《小崔说事》。2004年4月3日，崔永元积数年心血创制的新栏目《电影传奇》开播，内容涉及150部老电影。崔永元在节目中既是主持人，又是主要演员，既讲故事又演故事，同时又监制推出了老电影歌曲联唱专辑《宁死不屈》。
2006年，崔永元的病症得到缓解康复。
2010年担任纪录片《我的抗战》总策划。2012年4月14日，崔永元主持的第一期《谢天谢地，你来啦》开播。2011年9月27日，“崔永元・新锐导演计划”在京启动，贾樟柯、张猛等导演也到场助阵。
2012年9月28日，崔永元和周立波主持的《小崔说立波秀》在中央电视台财经频道播出从9月28日开始每晚21:20在CCTV-2十日连播。
2013年9月19日崔永元录制《谢天谢地，你来啦》，这是他在央视的最后一场节目录制，已向央视递交辞呈的他给现场观众三鞠躬，去意已决，10月20日崔永元彻底办完离职手续，成立“崔永元工作室”，建立自己的团队，打造颇具个人风格的节目，挂靠中国国际电视总公司，晚9时，从美国归来的崔永元举行媒体说明会，就公众普遍关心的“离职央视”、“赴美调查转基因产品”、“与方舟子的微博斗争”等问题回答了在场多家媒体的提问。他此次自费50万前往日本、美国等地调查转基因产品的安全问题，并准备将拍摄的素材和获得的资料制成纪录片发布。
2013年10月22日晚，在微博中透露自己已经到达美国，调查转基因之旅，就此开始。
2013年10月27日，崔永元已确认加盟河南卫视，与台湾著名漫画家蔡志忠、著名文化学者钱文忠一起担任《成语英雄》节目中的嘉宾。2013年11月21日，在河南卫视录制《成语英雄》，担任“成语先生”，透露自己将离开央视到中国传媒大学工作。
2013年12月16日凌晨、知名娱乐博主“长春国贸”在博客中爆料，崔永元已于12月6日正式从央视离职，工作关系已经调到了中国传媒大学，崔永元有望于2014年年初正式授课教学，12月17日，崔永元在其认证的微博上承认已正式离开央视，入职中国传媒大学任教。
2014年1月8日，方舟子发布长微博《关于全国政协委员崔永元造谣、毁谤的声明》，欲起诉崔永元，崔永元以“肘子终于决定告上法院了，太好了!就等这一天呢!咱们法院见!”表示接受起诉。
2014年7月25日晚，崔永元透露，自己有意加盟《老男孩》的出品方儒意影业，转型做监制，为年轻导演铺路。
2014年10月28日晚，崔永元在微博上转发媒体报道，确认将主持东方卫视的一档“别具个人风格的新闻节目《东方风云汇》”。崔永元介绍，《东方风云汇》更像是一档“新闻解读”类型的节目，会有“自己的解读风格”，“做大家看得懂的新闻”。
2105年1月1日，崔永元新节目《东方眼》于东方卫视正式播出。
2015年3月25日，由崔永元团队和东方卫视中心联合创制的中国首档社交类谈话节目《东方眼》停播。