月球上黑石的讯号直指木星，宇航员们踏上木星之旅，电影进入第二章：Jupiter Mission:18 months later（木星任务：18个月后）。这一章是整个电影旋律上最为紧张的一段，其中的人机大战放到如今的好莱坞电影市场也是相当吸引人的，倒不是说它的特效做的有多好，而是你能在整部电影缓慢冷酷的节奏下体会到血脉贲张的感觉。人类智慧的最高结晶HAL9000被看做是飞船上唯一的一名非人类成员，飞船上任何一个部件都在它掌控之下，被赋予拟人化情感，历史上从未出过差错，但在一次未知预测出错后，受到Dave和Frank的怀疑，于是设计杀死Frank和Dave以及飞船上休眠的三位科学家。人与机器之间的对决过程在电影中是一如既往的缓慢，但在看的时候却不知不觉的屏住呼吸。相信很多人和我一样，在心里祈祷着Dave一定要获得胜利，不能让邪恶的HAL9000得逞，但是在最后Dave对HAL9000强制关机时，当你听着这个最富人类情感的机器说着”Stop, stop, Dave……I’m afraid….”时，心里一定也会有些触动，HAL虽然没有人类的形态，但已与人类无异了，人们创造了一个高智慧的生命体，最后却不得已要亲手终结，这也许是人类文明高科技发展进程中一个无可避免的悖论。
这部电影的节奏相当特别，“又闷又飞”，说它闷，是因为台词极少，在第25分钟才出现第一句对白，电影开头3分钟和电影中间的一片漆黑，让人有按快进和关视频的冲动；说它飞，是因为冷酷之中的一丝惊心动魄，曾经奏响着《蓝色多瑙河》的星空变成了屠戮场，更为动感的镜头是飞船穿越星闸时扑面而来的奇形怪状的光束，还有飞船穿过的那一片颇为意识流的景象。
本片的编剧之一，亚瑟•克拉克说，“你若看一遍就明白了整部电影，那只能证明我们失败了，我们要提出的问题超出我们的想象”，谁也不能正确的解读这部电影，因为它留下的悬念实在太多，黑石究竟是什么？为什么它每一次出现都带来人类文明的巨大转折？黑石携带的到底是信息还是生命？星孩会到地球上去吗？去了地球之后它是成为人类文明的起源还是更高级生命的开始？由于导演拒绝给出自己的答案，这些问题将会成为永远的悬念。
塔可夫斯基说：从亚当和夏娃偷吃智慧树上的苹果那一天开始，他c们就要走在路上，终生为真理奋斗不休。老塔用诗意的语言描绘了人类的文明史，这是真理，只是事实远没有这么美好。真相更接近库布里克与阿瑟·克拉克共同创作的《2001太空漫游》中的描写：一个丑陋的猿人在灵光乍现之后捡起了一根骨头，砍开了另一个生物的头颅，这是人类历史的开始，是人类掌握的第一件科学——这就是智慧苹果的真相。
人类的历史其实就是科学史：来自非洲的克罗马农人用石器与骨器在一万年中杀光了欧洲的尼安德特土著，火药推进的铅丸打穿了骑士阶层的厚重铠甲，蒸汽机创造的新贵族把国王送上了断头台，配备了指南针与六分仪的大航海使美拉澳非几大洲的人类大难临头，几千枚洲际核武的蓄势待发使整个世界在恐惧中度过了几十年的和平，阿姆斯特朗迈出的“个人的一小步”使齐奥尔科夫斯基“地球是人类的摇篮，但人类不能永远呆在摇篮里”的预言成为现实，互联网使权力与体制最后的欺诈和控制无所遁形。
科幻，从字面意义上看是幻想科学的发展，而实际上，或者说真正伟大的科幻，是预言人类社会未来的命运。
所以我们说，《2001太空漫游》仍然是最伟大的科幻电影，恰如尼采所谓“你当愈行愈高，直到群星已在你脚下”，《2001太空漫游》审视着人类的命运，它既是理性的，也是诗意的，在《查拉图斯特拉如是说》的交响乐礼赞中，浑身是毛的猿猴站立起来，手执骨头登上地球的舞台，在同样的恢宏音乐中，宇航员在木星最后一次睡着，醒来后完成了400万年后人类的再次进化：成为纯能量化的“星孩”。在库布里克与阿瑟·克拉克的脑力激荡中所创造的登月、空间站、超级电脑一一变成现实，而电影中预言尚未实现的未来，则有待我们，及我们的后代去经历和验证。
很早就听说过这部非常牛的美国科幻电影，出自库布里克之手，在当时掀起轩然大波，并且时至今日依然具有相当的影响力。一部好的科幻电影绝不仅仅在视效上给人以强大的冲击，更能深深撼动你的内心，不管对电影的各种隐喻懂了多少，那种让你在看完之后还魂牵梦萦的感觉才是衡量一部好电影的标准。
电影的节奏不是一般的缓慢（参照《银翼杀手》），闷到我中途放弃过一次，直到几个月之后才重新再看一遍。电影一开始长达3分钟的画面一片漆黑，配着《查拉图斯特拉如是说》的音乐，足以让任何没有耐心的观众关掉此片，永远不再打开。3分钟之后画面闪现，出现电影的第一章：The Dawn of Man（人类的黎明），两群猩猩争夺水源，画面里充斥着无意义的吼叫和杂乱的动作，直到一块黑石出现，一只猩猩学会了用牛骨当武器，至此，人类的黎明到来。
猩猩高高的举起头骨，画面一转，已经是宇宙飞船漂浮在太空中的景象，短短一瞬，人类世界已历经千万年的历程，小约翰•施特劳斯的《蓝色多瑙河》适时响起，尽显太空探险的优雅与美丽。但是导演并未给此段加上标题，可见导演认为此时的人类相比大猩猩，依然没有质的飞跃。在月球的基地上，宇航员们发现了第二块黑石，人类伸手触碰黑石的动作与几千万年前的大猩猩如出一辙。