我国古籍中记载，我国古代的中原地区，最初使用的是“干支纪年法”，即用10个天干符号甲、乙、丙、丁、戊、己、庚、辛、壬、癸和12个地支符号子、丑、寅、卯、辰、巳、午、未、申、酉、戌、亥相配合来纪年。在我国西北地区的少数游牧民族则以动物来纪年。《唐书》中记载：“黠戛斯国以十二物纪年，如岁在寅，则曰虎年。”另外，《宋史·吐蕃传》中也记载说，吐蕃首领在叙事时，以物纪年，所谓“道旧事则数十二辰属日，兔年如此，马年如此。”以后，在中原同少数民族的交往中，两种纪年法相互触合形成现在12生肖。正像清代赵翼在《陔余丛考》中指出的那样，“盖北俗初无所谓子丑寅卯之十二辰，但以鼠牛虎兔之类分纪岁时，浸寻流传于中国，遂相沿不废耳。”这种关于12生肖来历的解释，已经被许多人认可。 另外，关于12生肖来历的说法还有：洪巽的《阳谷漫录》中说，12地支中位居奇数者，以动物的指或蹄也为奇数相配，如子位居首位，与它相配的鼠为5指，地支中居偶数位的，则取相属之偶数以为名，如牛与丑相配，为4爪。叶世杰在《草木子》中，把12生肖的来历解释为：术家以12肖配12辰，每肖各有不足之形焉，如鼠无牙、牛无齿、虎无脾、兔无唇、龙无耳、蛇无足、马无胆、羊无瞳、猴无臀、鸡无肾、犬无胃、猪无筋、人则无不足。” 其它的说法还有种种。诸如：黄帝要选拔12种动物在天上按时值班……通过竞赛而选中了鼠、牛、虎等12种动物；12生肖来源于原始社会一些氏族的图腾崇拜；12生肖可能是从天竺引进的；或28个星宿分布周天，以值12个时辰。每个星宿都以一种动物命名。从每个时辰值班的动物中挑选某种常见的作某一年的代称等等，不一而足。 尽管人们不能确定12生肖的确切来历，但因为它的通俗、方便又具有趣味性，所以一直沿用至今，成为古人留给我们的一种仍有实用价值的宝贵遗产。
明代叶子奇在《草木子》指出，十二种动物被安排是因为形体缺憾。“术家以十二肖配十二辰，每肖各有不足之形焉，如鼠无牙、牛无齿、虎无脾、免无唇、龙无耳、蛇无足、马无胆、羊无神、猴无臀、鸡无肾、犬无肠、猪无筋，人则无不足也。”但明代学者朗瑛在《七类修稿》反驳：“庶物岂止十二不全者？”他提出“地支在下”，别阴阳当看足趾数目。鼠前足四爪，偶数为阴，后足五爪，奇数为阳。子时前半部为昨夜之阴，后半部为今日之阳，正好用鼠来象征子。牛、羊、猪蹄分，鸡四爪，再加兔缺唇且四爪、蛇舌分，六者均应合着偶数，属阴，占六地支。虎五爪，龙五爪，猴、狗也五爪，马蹄圆而不分，均为奇数，属阳，连同属阳的鼠，占六地支。 阴阳学说解释生肖排序并非朗瑛创见，宋朝学者洪早在《旸谷漫录》中已有类似观点。朗瑛还将动物性情和阴阳学说相结合，把排序原因具体化：“如子为阴极，幽潜陷晦，以鼠配之；鼠藏迹也。午为阳极，显明刚健．以马配之；马快行也。丑为阴也，俯而慈爱生焉，以牛配之；牛有舐犊。未为阳也，仰而秉礼行焉，以羊配之；羊有跪乳。寅为三阳，阳胜则暴，以虎配之；虎性暴也。申为三阴，阴胜则黠，以猴配之；格性黠也。日生东而有西酉之鸡．月生西而有东卯之免，此阴阳交感之义，故曰卯酉为日月之私门。今兔舐雄毛则成孕，鸡合踏而无形，皆感而不交者也。故卯酉属兔鸡。辰巳阳起而动作．龙为盛，蛇次之，故龙蛇配焉。龙蛇，变化之物也。戌亥阴敛而潜寂，狗司夜，猪镇静，故狗猪配焉。狗猪，持守之物也。
清代刘献延《广阳杂记》引李长卿《松霞馆赘言》：子何以属鼠也？曰：天开于子，不耗则其气不开。鼠，耗虫也。于是夜尚未央，正鼠得令之候，故子属鼠。地辟于丑，而牛则开地之物也，故丑属牛。人生于寅，有生则有杀。杀人者，虎也，又，寅者，畏也。可畏莫若虎，故寅属虎。卯者，日出之候。日本离体，而中含太阴玉兔之精，故卯属兔。辰者，三月之卦，正群龙行雨之时，故辰属龙。巳者，四月之卦，于时草茂，而蛇得其所。又，巳时蛇不上道，故属蛇。午者，阳极而一阴甫生。马者，至健而不离地，阴类也，故午属马。羊啃未时之草而苗，故未属羊。申时，日落而猿啼，且申臂也，譬之气数，将乱则狂作横行，故申属猴。酉者，月出之时，月本坎体，而中含太阳金鸡之精，故酉属鸡。戌时方夜，而犬则司夜之物也，故戌属犬。亥者，天地混沌之时，如百果含生意于核中，猪则饮食之外无一所知，故亥属猪。此说从昼夜十二时辰的角度解说地支和肖兽的配属。
持论即有先天不足，十二地支及生肖最初用来纪日、纪年，标记时辰是使用范围扩大的结果，有些解释显得过于牵强。